2011年3月11日（金）14:46に発生いたしました、東日本大震災により、つくば市界隈も震度6強という未曾有の揺れに遭遇いたしました。ラヂオつくばでは同日15:00から災害放送に内容を切り替えて、生放送と録音放送を取り混ぜた放送体制に移行し、12日～13日にかけ、市役所と災害臨時放送局の設置について協議を行いました。
2011年3月14日（月）13:30に、つくば市長から直接災害臨時放送免許取得手続き及び運営を委託され、同日16:00までに開局するよう指示されました。すぐに、つくば市広報広聴課とともに関東総合通信局に連絡をとり、80wの出力の許可とコールサインをいただき、同日15:59で一旦「JOZZ3BO-FM ラヂオつくば」の放送を休止し、16:00から「JOYZ3N-FM つくばさいがいエフエム」として放送を開始しました。
災害臨時放送局運営中は、共同通信のニュースをはじめ、茨城県・つくば市災害対策本部の情報、茨城県警の情報、防災科学技術研究所の地震速報、茨城県・つくば市社会福祉協議会の情報、周辺市町村の情報、つくべエクスプレスをはじめとする公共交通機関の情報、電話等公共インフラの情報、市民レポーターから寄せられる情報等を収集・裏付け作業を行い生放送を中心に提供させていただきました。
この期間中は、出力が通常の8倍の80W出力となっていたため、ポータブルラジオで聞き取りのできる範囲が広がったと同時に、車載ラジオでは筑波山以南の隣接市町村（石岡、土浦、牛久、つくばみらい、常総、下妻）のほか、隣隣接市町村（小美玉、かすみがうら、龍ヶ崎、守谷、取手、坂東、境、八千代、筑西、結城）の一部でも聴くことができたと報告されております。
4月に入り、被災状況の把握・対応がほぼ完了し、市民の生活インフラの全面復旧などが終了し、今後は激甚被災地の支援など、次の災害対応ステップに市が入ったことから、2011年4月15日（金）23:59に「JOYZ3N-FM つくばさいがいエフエム」の運用を休止し、16日0:00から「JOZZ3BO-FM ラヂオつくば」の放送を再開しました。
その後「JOYZ3N-FM つくばさいがいエフエム」は休止状態となっておりましたが、2011年5月11日をもって、2ヶ月間の災害臨時放送局の免許期間が満了し閉局となりました。
今後もラヂオつくばは、いつでも災害放送ができるよう常に体制を整え、市民の立場に立った情報を提供してまいります。